Το πρόβλημα της προέλευσης του ονόματος «Κομοτηνή» ταλαιπώρησε αρκετούς ιστορικούς, εγχώριους και μη, οι δε εκδοχές που προτάθηκαν ξεκινούν από τον χώρο της μυθοπλασίας, όπως του οθωμανικού περιηγητή Εβλιγιά Τσλεμπί (δήθεν εγκατάσταση στην περιοχή κάποιου Εβραίου με το κινέζικο όνομα Κουμλού-Τσιν...), διατρέχουν την περίοδο της ελληνικής αρχαιότητας (η Κομοτηνή ήταν κόρη του περίφημου ζωγράφου Παράσσιου...) για να καταλήξουν στην βυζαντινή εποχή, όπου ο καθηγητής Στίλπων Κυριακίδης εντόπισε χρονικά την προέλευσή του. Σύμφωνα με την άποψη αυτή, η οποία θεωρείται η εγκυρότερη από όσες διατυπώθηκαν, το βυζαντινό όνομα Κουμουτζηνά, υποδηλώνει τα κτήματα κάποιου με το επίθετο Κουμούτζης. Αντίστοιχα έχουμε τα βυζαντινά τοπωνύμια Στεφανηνά, Χουδηνά κ.α.

Η ονομασία, όπως άλλωστε και η ίδια η πόλη, δοκιμάστηκαν σκληρά στην διάρκεια της οθωμανικής κατάκτησης. Η φθορά άγγιξε και την λέξη Κουμουτζηνά, την οποία οι ορδές των κατακτητών αδυνατούσαν να προφέρουν ορθά και μετά από διαδοχικές αλλοιώσεις κατέληξε στον κακόηχο τύπο Γκιουμουλτζίνε στα οθωμανικά και Γκιουμουλτζίνα στα ελληνικά, με τους οποίους είναι γνωστή σε όλη την διάρκεια της τουρκοκρατίας. Ο κούρδος ιστορικός Κ.Αλή, εξήγησε για πρώτη φορά, με αδιαμφισβήτητο τρόπο τον γλωσσικό μηχανισμό, ο οποίος μετέτρεψε στα οθωμανικά το βυζαντινό τοπωνύμιο Κουμουτζηνά σε Γκιουμουλτζίνε. (Κ.Αλή, Οι παλαιές οθωμανικές ονομασίες των πόλεων Κομοτηνής και Ξάνθης, Κομοτηνή 1994).

Με την απελευθέρωση (1920) η ονομασία αποκαταστάθηκε στη λόγια μορφή της, όπως μας την παρέδωσε ο βυζαντινός ιστορικός Νικηφόρος Γρηγοράς και η οποία χρησιμοποιείται μέχρι σήμερα.